通过控制层面选择梯度场和射频脉冲来完成MR图像层面和层厚的选择。在完成了层面选择后还必须进行层面内的空间定位编码。层面内的空间定位编码包括频率编码和相位编码。频率编码让来自不同位置的MR信号包含有不同的频率，采集到混杂有不同频率的MR信号后，通过傅里叶变换才能解码出不同频率的MR信号，而不同的频率代表不同的位置。在前后方向上施加了频率编码梯度场后，经傅里叶转换的MR信号仅完成了前后方向的空间信息编码，必须对左右方向的空间信息进行相位编码，才能完成层面内的二维定位。

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